实验动物屏障设施的温度和湿度需要终年坚持在一定规模内，而这些的实现均需通过空调系统完成。近年来，实验动物屏障设施的空调系统统以全新风直流式洁净中央空调系统为主。尽管建设之初投资运转用度较高，但老式的回风进人洁净区，可能引起各区域之间交叉污染和气味累的问题，而全新风空调方法在此方面显示了较大的优越性。因为夏季降温、冬季取暖都是使用一套设备来完成的，这就保存运行模式转换的问题，因此可以通过热泵实现节能的目的。凭据泵吸取热量的低温热源种类的差别，热泵大致可分为空气源热泵、地源热泵、复合热泵。

新风经空调机组新风段进入初效过滤段开端过滤新风中的灰尘颗粒，进入表冷段对空气进行冷却除湿，再经过加热、加湿段对空气进行加热及加湿，再经风机段将空气送出，最经中效过滤段对空气进行过滤送往室内。空调系统末端设置风量调理阀、末端空气加热器高效过滤器，最终将切合室内温湿度要求、洁净度要求的空气送入房间。为制止一部分未经过过滤的空气渗透到风机段吸人端，中效过滤器通常安排在空调机组末端，包管所有供应空气都经过中效过滤段。机组内部的加热器、加湿器、表冷器并差别时使用，应凭据实际情况划分使用。

房间内的空气经末端风量调理阀及排风机排出室外，末端风量调理阀宜为电动阀门，可自动控制房间的相对压差。排出空气需经过一定的处理，以满足环保要求。实验动物设施常用的废气处理技术通常有吸附法、吸收法和光催化氧化法等。

别的，在空调通风系统中，新风能耗占了较大的比例。实验动物屏障设施内有新风进入，必有等量的室内空气缓慢排出。这些排风相关于新风来说，含有热量(冬季)或冷量(夏季)。屏障系统的排风是有组织的，因此有可能通过新风与排风的热湿交换，从排风中接纳热量或冷量减少新风的能耗。

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